고려시대 의료기관은 중앙과 지방으로 크게 나뉘어 실시되었다. 중앙에서는 의사행정을 총괄하는 대의감(大醫監)이 있고 한림원(翰林院)에 의관(醫官)이 따로 있다. 서민구제 및 의료사업은 제위보(濟危寶), 동서대비원(東西大悲院), 혜민국(惠民局) 등에 의원(醫員)이 전속되어 치료를 전담했었으며 병제(兵制) 중에도 약원(藥員)을 두고 전옥서(典獄暑)에도 의원을 두어 수인을 진료하도록 했다. 궁중에도 어약(御藥)을 담당한 상약국(尙藥局)과 어찬(御餐)을 받드는 사선서(司膳暑)에 식의(食醫)가 전속되어 있었고, 동궁관(東宮官)에는 약장랑(藥藏郞)과 약장승(藥藏丞)이 따로 배속되어 있었다. 지방으로는 서경유수관(西京留守官) 의학원(醫學院)에 분사대의감(分司大醫監), 판감, 지감 을 두고 따로 약점을 두었고, 동경 및 남경 유수관을 비롯하여 대/중 도호부, 방어진(防禦 陣), 각 주(州), 부(府), 군(郡), 현(縣)에 약점을 두어 이곳에 와서 의사와 의생 등을 두었다. 의학교육은 중앙과 서경에 의학원을 두고, 12목(牧)과 3경(京) 10도(道)에 의학박사를 두어 의학을 배우게 하였고 공양왕 원년(AD1389년)에는 의학이 10학 중의 하나로 전의시에 속하기도 했다. 광종 10년(AD959년)에는 제업, 명경이 다른 제업과 함께 실시되어 의과 고시에 여러 번의 급제를 보았다.

의서에 있어서도 중국 의서의 고려 복간본(復刊本)과 고유의 간본(刊本)이 있어 독자적 발전을 보게 되었다. 이를테면 <제중입효방(濟衆立效方)>, <향약구급방(鄕藥救急方)>, <동인경험방(東人經驗方)> 등 많은 의서의 출간을 보았으나 아깝게도 <향약구급방>을 제외한 나머지 의서는 전부 전하지 않는다. 의인(醫人)에 있어서도 명의를 많이 배출하여 이상로(李尙老), 설경성(薛景成), 김영석(金 永錫), 곽여(郭輿), 이단지(李但之) 등이 의료활동과 함께 의학저술에 힘썼다.

외국과의 의약관계는 태종 때 양녕대군이 사절로 명(明)에 갔을 때 판전의사(判典醫事) 양홍달(楊弘達)이 수행하였고, 태종 때 성석린(成石隣)이 명에 가서 의사를 청했으며 약재도 무역하게 했다. 태종 5년(AD1405년)에는 명나라 사신을 따라온 정승(鄭昇)과 김보(金甫)가 송묘(松苗)를 얻고 치료를 받았다는 것을 알 수 있다. 그밖에도 일본의 승의 평원매(平原梅)의 귀화, 타이(샴)의 소목(蘇木), 속향(束香)의 헌납 등 남방과의 교역도 활발해짐에 따라, 남방약재가 유구(琉球)의 중계무역으로 활발히 수입되었다. 세종 때에 이르러서는 향약(鄕藥)의 중요성에 착안해 각 도에서 향약을 채취하여 당나라의 약과 약효를 비교/검토함은 물론 투약의 방법까지 실험하여 향약 중에 당나라 약과 같은 약효가 있을 때는 즉시 이를 대체 사용하도록 했다. <향약채취월령(鄕藥採取月令)>을 간행하여 시기(月), 때(時)를 적절히 하여 약효의 일실(逸失)을 막게 하였고, 이어 <향약집성방 (鄕藥集成方)>을 편찬 간행하여 새로운 약재를 추가함으로써 당나라 약을 대체 사용하도록 했다. 세종 27년(AD1445년)에는 <의방유취(醫方類聚)>를 편찬 간행하여 우리나라에 전해 오던 의방을 모두 한데 모아 집대성했다. 원(元)의 <무원록(無寃錄)>을 사용함으로써, 옥에 갇힌 백성들의 질병 등에도 고루 의료 혜택이 돌아가도록 법적으로 배려했다.

의사제도에 있어서도 습독청을 설치해 의서습독관(醫書習讀官) 15명을 두어 의서를 습독하도록 권장했다. 의과(醫科)를 침구의(針灸醫), 내력의, 치종의(治腫醫) 등으로 나누어 전문적 치료를 하도록 했으며 물리요법을 응용하여 온천욕, 냉천욕, 한증욕, 약욕 등을 적극적으로 권장했다. 성종 때 이르러서는 <신응경(神鷹經)>, <주부축진방>, <구급역방(救急易方)> 등의 의서를 편찬하고, 중종때에는 한글로 풀어 쓴 언해본(諺解本) 의서가 많이 역간되었다. 세조 때의 <구급방언해> 등이 출간 응용되었으며, 성종 때에는 <벽온방(壁瘟方)>, <창진방(瘡疹方)>, <의방유취(醫方類聚)>, <속벽온방(續壁瘟方)> 등이 간행되었다. 선조 때에 와서는 치종청(治腫廳)을 두어 왜란 등 전쟁으로 인한 질병, 부상의 치종청을 두어 왜란 등 전쟁으로 인한 질병/부상의 외과의적인 치료에 임하게 하였으며, 정유재란 무렵에는 시체부검과 해부를 통한 실증적 연구로 서양의학과 일맥상통하는 면도 보였다. 이 무렵 안경이 처음으로 수입되어 노인들이 쓰기 시작했으며, 광해군 때에는 담배 흡연도 성행하게 되었다. 선조 29년(AD1596년)에는 태의(太醫) 허준(許浚)에게 명하여 유명한 <동의보감>의 편찬 에 착수하도록 해, 광해군 2년(AD1610년)에 와서야 결실을 보게 되었다. <동의보감(東醫寶 鑑)>은 총 25권 25책으로 되어 있으나 현존하는 실제 간행본은 광해군 5년 11월에 처음으로 완간된 것이다.

종래부터 전해오던 두과(痘科)의 발달은 차차 경험을 중심으로 발달해 <두창경험방(痘瘡 經驗方)>, <용산요두편(龍山療痘篇)> 등의 전문 서적과 숙종 때 두과 전문의 유상(柳　), 치종술(治腫術)의 신의(神醫)라 불리우는 백광현(白光炫) 등을 배출했다. 영조 때에 와서는 서양 의서의 교류도 있어 이익(李瀷)의 <성호사설(星湖僿設)>에 서양 의학이 소개되었으며, 다산 정약용(丁若鏞)이 <종두기법(種痘奇法)>, 최한기(崔漢綺)의 <서의한역서(西醫漢譯書)> 등이 나왔다. 천주교의 선교, 의료사업 등으로 서양의학이 국내에 들어왔으나 서학에 대한 탄압으로 서양의학의 신지식은 실제로 이용되지는 못하고 일부 학자들의 호기심을 충족시켰을 따름이다.

조선조 후기에 와서는 직제도 많이 변하여 의약(議藥), 산실청(産室廳), 전의감(典醫監), 제생원(濟生院), 혜민국(惠民局) 등이 변천 운영되었다. 의과(醫科) 요원의 선발(取材)도 건국 이후 계속 엄격한 기준을 정해 실시되었다. 의술은 악질(惡疾)의 예방, 접종, 치료구호 등 분업화에 힘입어 사회 깊숙이 스며들면서 전문화를 보게 되었다. 양반계급에서도 생업으로 삼지는 않으면서 의료행위를 하는 유의(儒 醫)들이 나오게 되었으며, 운양호사건 이후 일본인들은 자국민들을 보호한다는 구실로 부산에 제생원(濟生院)이라는 서양식 병원을 세워 이 무렵부터 서양의술이 공공연하게 실용되기에 이르렀다. 이를 계기로 한방의학(韓方醫學)은 100여 년간의 암흑기에 접어들었다. 공공기관 및 교육 기관에서는 서양의학을 주로하는 교육과 의료행위가 한방의학보다도 일반화되었다. 지석영(池錫永)이 우두종법(牛痘種法)에 의한 서양의술을 직접 시술하여 우리나라에서도 서양의료 기관인 내부병원(內部病院), 제중원(濟衆院), 대한의원(大韓醫院), 광제원(廣濟院) 등의 설립을 보게 되었다. 곧이어 서양 선교사에 의한 현대식 서양병원과 의학교가 세워지면서 서양식 의료제도가 도입되기에 이르렀다. 그 동안 한방의학(韓方醫學)의 명맥은 이제마(李濟馬), 이규준(李圭晙), 황도연(黃道淵) 등 에 의해 이어져 내려왔으나, 조선조 말부터 위축의 길을 걸어와, 이제서야 새로운 조명을 받는 정도에 이르고 있다. 한방(韓方) 의학의 발전이야말로, 우리 고유의 문화를 재발견 정립하는 과제의 하나가 아닐 수 없다.